自贡因盐设市，“自贡”之名源于著名盐井自流井和贡井，因井名而地名，系两地合称。贡井古称“公井”，因大公盐井得名。自流井是自贡境内继富世盐井、大公井之后又一著名盐井。

秦代，现在的自贡地区分属巴、蜀二郡。汉武帝建元6年（公元前135年），置犍为郡，辖江阳、南安等12个县，富顺归江阳，荣县属南安。北周武帝天和2年（557），因盐业发展，盐区人口增加，以富世盐井为名，设富世县。大公井亦闻名于世，并以井命名置公井镇。富世县和公井镇，是自贡地区最早因盐而设的政区建置。

隋唐时期，富世县沿袭旧制。唐武德元年（618）升公井镇为县，取荣德山为名置荣州，隶属剑南道。唐贞观元年（627），在旭川盐井所在地，以井命名置旭川县，隶属荣州。贞观23年（649），因避太宗（李世民）讳，改富世县为富义县，隶属泸州。因自贡地区盐井不断开凿，经济繁荣，初步形成东富义、西荣州两个以井盐业为中心的经济区。

宋乾德4年（966），升富义县为富义监。宋太平兴国元年（976），因避太宗（赵光义）讳，改富义监为富顺监，富顺之名始于此。宋治平元年（1064）置富顺县。治平4年（1067）旭川县改名荣德县。

元至元12年（1275），改富顺监为富顺安抚使司。至元20年（1283），升富顺安抚使司为富顺州，属叙州路。元初，荣州、荣德县俱废。元顺帝至元4年（1338），设绍熙府军民宣抚司，治荣德县。至正22年（1362），明玉珍据蜀称帝，国号夏，改元天统，仍置荣州。夏开熙5年（1371），废荣州。

明洪武4年（1371），降富顺州为县（富顺县县名至今未变），隶属叙州府。洪武6年（1373），复设荣州。洪武9年（1376）4月，降荣州为县（荣县县名沿袭至今）。此时，富荣两县盐业生产发展较快，两县所征盐税约占全川总额18%。

明嘉靖年间，在富顺县城西新开自流等井。富顺县产盐中心西移，与贡井盐场相距仅5公里，两地产、运、销联系密切，“前明以来，本属一厂，名曰富义”。

清雍正8年（1730），以荣溪河（今釜溪河）为界，将富义厂一分为二。河东自流井称富厂、富荣东厂，河西贡井称荣厂、富荣西厂。富顺县和荣县分别在自流井和贡井设县丞署，管理东西盐厂。乾隆23年（1758），富荣盐场成为四川三大产场之一。至清嘉庆时期，富荣盐厂成为全川第二大盐场。清咸丰3年（1853），太平军定都南京，控制长江中下游，淮盐不能销楚，清廷下令“川盐济楚”，富荣盐场生产大增。同治末至光绪初年，富荣盐场产盐近20万吨，占全川产量一半以上。

清宣统3年（1911）10月辛亥革命爆发，荣县首义天下，成立军政府，并遣同志军进军自流井，清军溃败，自流井宣布独立。同年12月30日，自流井、贡井各方人士筹商后，在自流井井神庙召集会议，选举临时正、副议长及议员60人，成立自贡地方临时议事会。民国元年（1912）3月9日，自贡地方议事会成立。这期间，地方有识之士，力主自流井、贡井脱离富顺县和荣县，建立“新和县”。此举经自贡地方议事会通过后，呈文报送四川省临时议事会。民国元年7月，在成都召开四川省临时议事会，由于富顺、荣县、宜宾等县代表及自贡部分乡绅反对，表决合并自流井、贡井设“新和县”之议以一票之差而遭否决。省议事会遂委任自贡地方行政长，“俾行政得归统一”。以后，自流井、贡井两地虽在隶属关系上仍归富顺、荣县管辖，但已“地方称自贡，厂盐称富荣”。民国3年（1914）3月，撤销自贡地方议事会及地方行政长，设富顺县自流井县佐和荣县贡井县佐，管理地方行政。

民国17年（1928），贡井、自流井两地人士又提出设市之议，因军阀混战未果。但此前后，冠以“自贡市”名义的组织机构不断出现，如国民党自贡市党务指导委员会、自贡市商会等。民国21年（1932）8月，自贡市商会等团体呈请24军司令部及叙南“清乡”司令部，要求将自流井市政公所更名为包括贡井地区在内的自贡市政公所。同年，裁撤贡井县佐（此前，自流井县佐已裁撤）。

民国24年（1935），川政统一，各县设区，富顺县在自流井设第五区，荣县在贡井设第二区。民国25年（1936），省政府派员到自贡筹备设市，适逢自贡干旱、灾情严重，奉军事委员会委员长行营指示“暂缓设置”，设市之事搁置。

民国26年（1937），抗日战争爆发，沿海地区相继沦陷，海盐内运停滞，湘鄂各地所需食盐靠川盐接济，自贡盐场生产大增。由于盐业经济迅速发展和市区人口大量增加，富荣东、西盐场由两县分治的状况越来越阻碍生产力发展，各方反映强烈，设市之举势在必行。在各方要求下，军事委员会委员长行营指示四川省政府“并察核议具复”。民国26年（1937）1月5日，四川省政府召开第131次委员会，一致认为自贡设市条件初具，决定派员“事先筹备”，继后组织市政筹备处。同年2月初，自贡市筹备委员到自贡开展工作。民国27年（1938）5月5日，四川省政府决定“仿照各省先例，先行成立自贡市政筹备处，……积极筹备进行”。民国28年（1939）1月，改组市政筹备处。同年2月1日，开始筹组自贡市政府。

民国28年（1939）8月8日和8月15日，四川省政府召开第330和第331次委员会，决定成立自贡市，并于同月22日电话指示自贡市政筹备处于9月1日“先行成立”。民国28年（1939）9月1日，自贡市政筹备处在自流井珍珠寺宝善祠堂宣布成立自贡市政府，隶属四川省政府。至此，自流井和贡井地区之政区分别从富顺县和荣县分离。民国31年（1942）6月15日，国民政府行政院核准成立自贡市政府。1949年12月5日，自贡解放，隶属川南人民行政公署。1952年，中央人民政府恢复四川省建置，自贡市仍隶属四川省至今。