五通桥区地质成矿条件一般，非金属和能源矿产资源潜力较大。区境内共发现主要矿产资源8种：煤矿、页岩矿、砂岩矿、石灰岩矿、盐卤、河道砂砾石、铝土矿、页岩气（主要成分甲烷）等。已探明储量的矿产资源主要为煤矿，开发利用的矿产资源为煤矿、页岩矿、砂岩矿等。主要分布在金粟镇、石麟镇、西坝镇等镇。沙金有零星分布。

境内江河纵横，河流总长96.25千米，水域面积约32平方千米；其中，岷江境内流长27.1千米，多年平均流量为2480立方米/秒。境内降水较多，江河纵横，因此，区境地下水十分丰富。有各类水利工程近1500处。水利工程蓄引水能力20万立方米，可控灌溉面积8000公顷。过境容水量年均76.69亿立方米，年均水资源总量769.92亿立方米，颇具水能资源开发与利用天然条件，已开发沫溪河梯级电站1.26万千瓦。

全区林地保有量1.61万公顷，森林蓄积比上年净增1.5万立方米，森林覆盖率36.93%义务植树及森林抚育完成营造林1000公顷，巩固退耕还林成果2500公顷；境内林区大部分分布在岷江西部丘陵、低山区，即蔡金、石麟、西坝、冠英等镇，林区乔木树种有马尾松、山麻柳、柏树、桉树、青杠、楠木、雪松、板栗等；竹类有慈竹、水竹、斑竹、楠竹、苦竹、硬头黄等；灌木有黄荆、马桑、矮桐子、映山红、山茶等。